研究人员发现，CRISPR/Cas9的脱靶效应通常与sgRNA的设计相关。除了针对特定的靶位点外，sgRNA在与目标序列结合时能够容忍多达5至6个碱基的错配，或者因缺少或多出某些碱基而引起非靶向切割，从而导致脱靶效应。这些潜在的脱靶位点遗传数据中数量庞大，评估全基因组范围内的脱靶效应因此成为挑战。

近日，基于全基因组测序和生物信息学预测，科学家们开发了一项技术，能够全面分析脱靶效应引起的单核苷酸突变（SNV）、插入缺失变异（Indels）、拷贝数变异（CNV）及结构变异（SV）。现代基因组测序广泛应用于脱靶效应检测。例如，Kevin等人（2021年）通过全基因组测序和生物信息学分析评估了Cas9的脱靶风险。研究中他们比较了基因编辑小鼠与对照小鼠的基因组序列及结构变异情况，利用Cas-OFFinder工具预测163个sgRNA对应的556266个潜在脱靶位点，并通过变异信息的交集分析，最终确认了28个脱靶位点，其中9个通过Sanger测序验证为真实脱靶位点。这项研究揭示，虽然真正的脱靶事件仅占潜在情况的一小部分，但风险不可忽视。

结合基因组测序，尊龙凯时的研发团队推出了全基因组脱靶检测服务。我们采用mutect2作为变异分析工具，比较基因编辑组与对照组的测序数据，以识别SNV和Indels变异。此外，使用Cas-OFFinder预测sgRNA与基因组的匹配情况，从而识别潜在的脱靶位点。通过将mutect2的变异分析结果与Cas-OFFinder的预测结果结合，可以明确编辑发生的脱靶位点。

在脱靶效应的分析过程中，我们还利用CNVkit和manta生物信息学工具来识别基因组中的拷贝数变化和其他结构变异。CNVkit能够检测基因组的拷贝数变异，而manta则擅长识别插入、缺失及易位等染色体结构的变异类型。这些结果有助于全面了解基因编辑带来的染色体结构变异。

与传统的GUIDE-seq体内检测方法相比，全基因组脱靶检测不依赖于ODN的插入，提供了更灵活和便捷的检测方式。同时，它能够分析大范围的染色体变异，为全面评估基因编辑的效果和潜在风险提供有力支持。作为中国首家提供脱靶检测服务的公司，尊龙凯时致力于提供包括全基因组脱靶检测、GUIDE-seq体内检测和AID-seq体内检测等多种服务。如需了解更多，欢迎与我们联系。